前去剿滅音忍者村的木葉忍者部隊以及馬基、我愛羅、手鞠、勘九郎一同回到木葉村，馬基知道讓砂忍者部隊到木葉村門前是一個很不好的訊號，就讓他們回去砂忍者村，而自己帶著弟子們過來與火影交談
綱手對砂忍者村這次的協助表示感謝，希望日後兩個國家之間能繼續維持這友好的關係，馬基求之不得，對於如今的砂忍者村而言，得到木葉這個盟友是最佳的選擇，至於會不會再度成仇，則要看以後
商談一會，馬基不欲久留，向綱手告辭，綱手親自送他們到村門口，笑道：“一路小心。”目送四人離去。
之後，綱手在火影直屬的暗部裡挑選出幾支隊伍，命他們前往田之國調查音忍者村是否有大蛇丸暗中隱藏起來的實驗室，如有發現，便將裡面的所有資料、有價值的東西一併帶回木葉忍者村。
暗部領命離去，二月二十七日，田之國正式宣佈音忍者村在國內除名，表示他們是遭到大蛇丸的矇騙，音忍者村所進行的一系列行為都與田之國無關，同時感謝木葉忍者村以及砂忍者村的撥亂反正，讓田之國脫離大蛇丸的陰謀之中。
各國得到田之國的宣告，對於音忍者村會有這種下場，他們心裡也有數，而綱手的接連兩次軍事行動也無疑震懾到土之國和雷之國，讓他們明白綱手並不是復位之後顯得優柔寡斷的三代火影，這也是綱手的目的，為五大國之間的平衡又打上了一劑強心劑。
次日，暗部將在音忍者村內蒐集的東西帶回木葉忍者村，交到綱手的面前，綱手讓幾位顧問一同過來驗看，大蛇丸走的時候很從容，有價值的東西一個也不剩，剩下的都是在他看來無價值的
然而這些無價值的東西也是讓在場的眾人大開眼界，大蛇丸為研究長生之術，在生物領域的研究十分深入，即使是這些過時的資料，對於木葉忍者村也是十分難得，在醫療部裡必然會有極大的幫助。
猿飛日斬嘆了一口氣，說道：“真沒想到大蛇丸會在這方面研究到這種地步，光是獲得這些資料，恐怕就不知道進行過多少人體實驗吧。”
水戶門炎道：“大蛇丸這個人確實有才華，但他卻把這份才能用在對付木葉上，這次甚至都要帶走宇智波佐助，猿飛，不得不說你當年真的是做錯了。”
猿飛日斬苦笑一聲，無法反駁。
綱手細細把每份資料都看過，說道：“可惜，裡面沒有關於咒印的研究資料，要是有的話，或許就能解決宇智波佐助和御手洗紅豆身上的問題。”
轉寢小春道：“說起來，宇智波佐助的狀況如何？”
綱手回答道：“您放心，宇智波佐助的身體恢復狀況很好，沒有出現什麼問題。”
轉寢小春微微點頭，說道：“這次宇智波佐助的表現很好，在面對大蛇丸的誘惑，能堅守作為一個木葉忍者的責任，沒有選擇投靠到大蛇丸身邊，作為一個宇智波家族的後裔而言，也是難得可貴。”
只要是忠心於木葉忍者村的人，轉寢小春和水戶門炎都會表達出自己的信任，雖然是有過叛逆前科的宇智波家族後裔，但在這種情況下都能堅持自己，兩人也不得不承認宇智波佐助是真的心屬木葉，至少目前是如此
綱手問道：“既然如此，那兩位對於宇智波佐助加入到暗部裡的事，是否還有異議呢？”
兩人面面相覷，沉默片刻，水戶門炎道：“隨你，只不過對於宇智波佐助的行動還是要多多關注。”
綱手道：“這是自然。”
猿飛日斬見兩個同伴在宇智波佐助的事情上鬆了口，心裡也是一寬，他對鼬的犧牲很是嘆息，對於鼬唯一的弟弟，他也希望佐助能在木葉裡安心生活，慢慢成長，日後的宇智波家族也會有復興的機會。
綱手道：“這些資料裡對醫療有用的部分交給醫療部，其他的則到暗部裡封存起來，沒有問題吧？”見顧問點了點頭，便把資料整理好放到一邊，又道：“接下來就來商議一下對竹取家族的安排”
就在綱手與顧問們商議政事時，曾經也是其中一員的團藏正坐在他的房間裡，他的面前放著一副卷軸，他單手握著筆輕輕在上面寫著字，良久，長吐出一口氣，把筆放到一邊，對著身後不知何時出現的一位黑袍男子道：“有找到東西嗎？”
那位黑袍男子臉上帶著面具，正是暗部制式的，那人恭恭敬敬道：“團藏大人，大蛇丸留下來的一些資料確實帶來了。”明明是火影直屬暗部，卻稱呼團藏為大人，語氣甚至恭敬。
團藏微微點頭，轉過身來，道：“拿過來吧。”
“是。”那位暗部成員應了一聲，將三份卷軸呈到團藏的面前，隨即繼續跪在團藏的面前，一言不發。
這位暗部成員的真實身份便是過去根組織的忍者，三代火影猿飛日斬當年罷免團藏的顧問職務，令根組織解散，將成員編入暗部組織，實際上，這些根部忍者依然忠心於團藏，暗中為團藏服務。
戰國時代的忍者對於自己的主君十分忠心，只要主君一聲令下，忍者便會將自己的全部奉獻出去，他們不需要感情、不需要自我，只需要聽從主君的命令，為此他們將不惜付出一切，這是戰國時代忍者的黑暗之處
一代火影建立木葉忍者村之後，火之意志的傳承令木葉忍者這個職業逐漸從黑暗裡走出來，雖然依舊留有過去忍者的一些習俗，但為他人著想的、保護他人的新思想也在年輕的忍者身上萌芽生長
然而對於一個忍者村而言，強大的力量是必須的，因此那些舊時代的忍者也同樣不會消失，他們轉而以另一種形式出現在忍者村裡，那便是暗部，而在這其中更甚的就是根組織，火影直屬暗部雖然有著黑暗的行動習慣，但他們的思想也逐漸受到火之意志的影響，但根組織卻是完全按照戰國時代的方式去訓練的，在根的心目中，團藏才是一切，只要團藏下令，就算讓他們去暗殺火影，他們也不會感到半點困惑，而會堅定不移地去執行
猿飛日斬後來也意識到根組織已經成為只屬於團藏一個人的私人武裝力量，但為時已晚，他只能盡力把根組織的影響給降到最低，透過分別編入暗部小隊的形式，讓其他暗部成員監視其行動，防止聚眾作亂。
可即使如此，似乎也未能完全防止根組織的私自行動，在綱手派往音忍者村的暗部當中，就有根組織的成員，得到團藏的吩咐和建議，他們找到連暗部都未能發現的大蛇丸留下的隱秘資料，暗中帶回村子交給團藏。
團藏跟大蛇丸交往多年，對彼此的性格都瞭解頗深，對方會採取什麼樣的行動，心裡有數，所以團藏才能猜出大蛇丸可能會留有隱秘資料的地方，他把身邊的卷軸拿起來展開，逐個看起來。
良久，他慢慢放下卷軸，喃喃道：“大蛇丸，你真的是一個天才，既然這些資料你也不用了，那也就讓老夫好好使用一下吧。”