市郊的工廠之內，只聽一聲兇狠的咆哮，哥莫拉從地下鑽出。
機器的轟鳴，人類的尖叫，車輛的鳴笛，都讓它感到無比的狂躁。紅著雙眼，它忍不住要毀滅眼前的一切。
突然一道破空聲傳來，它抬頭望向天空，只見一道藍光從天而降。
陣陣塵土飛上高空，艾克斯有如攜帶電光的鑽頭，旋轉著落在地面。
面對眼前的哥莫拉，一直與怪獸戰鬥的艾克斯此時顯得束手束腳。他站在原地，舉起右手，試圖安撫對方。
對於大地來說，哥莫拉是自小到大的夥伴。對於艾克斯來說，哥莫拉是並肩作戰的戰友。他們誰都下不去手。
但陷入狂暴的哥莫拉可不管這些。它發出咆哮，低下頭顱，將自己的鋒利堅硬的大角對準艾克斯。
雙腳與地面摩擦，它如同鬥獸場中的野牛，以兇猛的氣勢，衝向毫無戰意的鬥牛士。
若是以往，艾克斯定然要側過身子躲過這一擊。可今天不行，他這次不是以戰士的身份出現的。
面對這突然的襲擊，他握住眼前的大角，可角上傳來的巨大力量迫使他不斷地後退。
“冷靜，哥莫拉，快冷靜下來。”他的體內，大地面帶痛苦地喊道，企圖喚醒哥莫拉自己的意識。
可他的呼喚並沒起到任何作用。
揚起透頭顱，哥莫拉先是頂開艾克斯，又側著身子，用肩膀狠狠地向他撞去。
面對這一擊，艾克斯只能將雙臂舉在胸前，硬接這一下。隨後他繞到哥莫拉身後，輕輕一躍，就跳到其背上。
雙腿雙手緊緊環抱，他想借此控制住哥莫拉，倒也起到了一些效果。
可哥莫拉右腿一彎，身子就向右傾倒在地。它順勢一滾，就把艾克斯反壓在身下，藉此它也掙脫了束縛。
再度起身，它又向艾克斯發起了猛烈的進攻。利爪，尖角，巨尾，它用盡身體一切可以攻擊的部位，想消滅阻攔在自己身前的敵人。
未能下定決心出手，艾克斯只能被動防禦著進攻。
另一旁，Xio隊的其他隊員也已趕到了現場。
“立刻發動攻擊，支援艾克斯。”神木隊長果斷地下達了命令。
即使於心不忍，隊員們還是執行了命令。空中，空中瑪斯凱迪不斷髮射鐳射。
地面，明日奈也扛起Xio火箭炮，攻擊著哥莫拉。可隨著一次又一次扣動扳機，她射擊的頻率漸漸開始下降。
“大地，現在的情況是不可能說服哥莫拉的。”大地的耳旁響起艾克斯那焦急的聲音。
他環顧四周，被破環的範圍正在逐步擴大。他意識到不能再拖延下去了，必須速戰速決。
“艾克斯，用扎納帝姆光線，把哥莫拉變回玩偶。”他面露痛苦，做出了決定。
突然，一個聲音響起在他的耳邊。
“你是要消滅哥莫拉嗎？”
下一秒，在眾人的注視下，艾克斯化作資料流，憑空消失在了原地。
哥莫拉先是一愣，隨後開始繼續破壞周邊的一切。沒有了阻攔，它更加肆無忌憚，甚至連超振動波都用上了。
廢棄空間站內，看著縮小到手辦般大小，被傳送進錐形瓶中的艾克斯，肖宇覺得他那小巧玲瓏的樣子，看起來居然還有些可愛。
“肖宇，是你做的嗎？”瓶子中，第一眼就看到肖宇的大地喊道。他不理解，肖宇為何會做這樣的事情。
如今情況緊急，他必須趕快回去。不然，神木隊長一定會下令消滅哥莫拉。
面對大地的質問，肖宇無奈地搖了搖頭，並向前指著手。
艾克斯立刻轉過身，眼前的一幕瞬間讓他呆住了。在他眼中，一隻奇怪的猴子正拿著放大鏡觀察著自己。
他覺得自己仰望著對方，就像是人類仰望著自己一樣。
愣神一會，他很快恢復正常。錘打著關住自己的瓶子，他想要將其打碎。可瓶子連一絲裂痕都沒有出現。
他的體內，大地將賽羅的卡牌插入終端，想借此逃脫。然而終端絲毫沒有反應，
無計可施的他只能朝M1喊道。“快放我回去。”
“放你回去做什麼，要消滅格哥莫拉嗎？”
“不是，我是要保護哥莫拉。”大地反駁道。
“哥莫拉可是怪獸，看到它四處破壞的樣子，你還能和他和平共存嗎？”
可哥莫拉這副樣子，都是拜黑暗能量所賜，大地自然不會怪它。
一旁的肖宇實在聽不下去，插入了兩人的談話。
“M1，你這可是在挑撥離間，之前我和你說的你是一點沒聽進去。我看你還是把艾克斯放回去吧。”
此時地面上，失去了艾克斯的阻攔，哥莫拉正一步步朝著城市前進。不得已，神木隊長只能下令消滅它。
得到命令，明日奈端起奧特手槍，卻遲遲沒有扣下扳機。她的腦海中，不斷湧現出和哥莫拉並肩作戰時的回憶。
看著螢幕中的明日奈，M1一副小人得志的樣子，它開言嘲諷道。
“嘴上說著共存，可一旦遇到對自己不利的情況，就會毫不猶豫的消滅對方。
人類是無法和其他生物共存的，而這樣的人類早晚會走向滅亡。”
但接下來，令所有人意想不到的一幕出現了。
明日奈丟下手中的槍，跑到了哥莫拉的身前。她張開雙臂，傷心地哭喊著。
“停下來吧，哥莫拉，我不想傷害你。你認得我，對嗎。”
然而回應她的，是哥莫拉的拳頭。
被攻擊的餘波震飛，明日奈掙扎著起身，踉蹌地走回了它的身前。
這一次她面對的，是哥莫拉的腳。
再次被震飛，她不顧飛出的頭盔，又掙扎著爬了起來。看著眼前迷失自我的哥莫拉，她的眼角，一滴淚珠悄然劃過。
面對頑強的明日奈，哥莫拉終於不耐煩了。它凝聚著力量，準備發動超振動波。
呆呆地望著螢幕，M1心中充滿了疑惑。“她為什麼這樣做？她不怕死嗎？”
“明日奈，快躲開，哥莫拉，不要啊。”大地絕望地嘶吼著。一旦超振動波發出，他將同時失去兩位最親近的夥伴。
突然，一隻大手拍向桌子，將關著艾克斯的錐形瓶一掌拍成粉末。說實話，肖宇實在是看不下去了。
解除了束縛，艾克斯瞬間消失在原地。
盯著桌上的玻璃渣，原本準備將艾克斯傳送回地球的M1，舉著自己未打出的響指陷入了沉思。
出現在明日奈身前，艾克斯張開屏障緩緩向前，一邊抵擋襲來的超振動波，一邊接近哥莫拉。
雙方的距離在不斷拉近。
一把抱住哥莫拉，他雙腿用力，將其推離了明日奈身旁。
此時的大地早已做好了覺悟，他拿出彩虹刃，將艾克斯進化成超越型。
“對不起，哥莫拉。超越艾克斯切割。”
舉著彩虹刃，艾克斯在空中來回飛斬，淨化了哥莫拉體內的暗黑雷暴能量。
取回了自己的意識，哥莫拉呆站在原地。環顧四周，映入它眼中的，是殘破的廢墟，熊熊的烈火，以及滾滾濃煙。
它意識到，自己犯下了無法彌補的過錯。張開雙臂，它正對著艾克斯，意義不言而喻。
即將再次變回玩偶，哥莫拉的眼中沒有絲毫畏懼與不捨。它坦然面對了自己的宿命。
“哥莫拉”明白了它的要求，大地哽咽著喊道它的名字。“總有一天，我會讓你自由地活在這裡。”
“扎...納...帝...姆...光...線”他眼中含著淚光，一字一頓地說道。
然而不等艾克斯擺完姿勢，哥莫拉的身體突然泛起了紅光。無數紅色粒子從它體內四散而出。
失去了雷暴能量，它體內的能量不足以支撐它繼續巨大化，它很快變回了玩偶形態。
撿起地上的哥莫拉玩偶，明日奈細細撫摸著它。想到之前的一幕，她臉上有著無盡的悲傷。
“事到如今，你還堅持以往的看法嗎，M1。”肖宇問道，可他身邊早已沒有了M1的身影。
此時浩瀚的宇宙中，M1如同一顆衛星，環繞著地球飛翔。
它打算一直見證下去，人類的未來，究竟是共存，還是毀滅。