雖然赤木律子對何洛的同步率深感失望，何洛自己卻發現了新大陸。
在測試過程中，他感覺到有個奇怪的意識試圖進入自己的大腦，但是被他拒絕了。
他好奇地問對方，“你這個同步率是如何測試的？我感覺你的裝置在讀取我的腦電波。”
赤木律子聞言大驚，“你能感覺到腦電波！？是的，沒錯，同步率確實是包含了腦電波資料，但不止於此。”
“同步率還涉及到你的意識是否與EVA機體契合，以及你的精神狀態、戰鬥意志等方方面面。”
“你的精神狀態和戰鬥意志都沒有問題，但就是意識與EVA機體不夠契合，這才是最糟糕的地方！”
何洛現在更加確定自己之前的感覺沒錯，EVA機體並不是死物，而是存在自我意識的生命！
於是他要求道：“能不能讓我再測一次？我感覺這一次我能提高同步率！”
赤木律子自然是不信的，“這怎麼可能！60%也差太多了，根本沒希望！”
但是葛城美里實在是太需要何洛了，於是她抱著死馬當活馬醫的心態，要求赤木律子，“赤木博士，再給他一次機會吧！”
由於NEVR總部在遭到其他樂園玩家的攻擊之後損失慘重，主角團隊全滅，連NERV的最高軍事指揮官碇源堂碇司令也被殺死，因此葛城美里實際上已經是NEVR總部的最高軍事主官。
赤木律子拗不過葛城美里，只好讓何洛再測試一次。
這一次，何洛戴上檢測裝置之後，先下手為強，反向入侵了連線在裝置另一端的那個意識。
很快的，他就在精神世界裡看到了一個白色的巨人——第一使徒亞當！
確切地說，這並不是那位的完整靈魂，而是靈魂投影，因為其意識體高度連第三使徒“水天使”都不如，就算比起何洛也強不了多少。
NEVR在以亞當為原型製造出“零號機”之後，其實就等於是為亞當製作了以分身，不可避免地擁有了祂的靈魂投影。
只不過由於亞當的本體都處於沉睡狀態，所以祂的意識投影也表現得渾渾噩噩。
除此之外，何洛又在旁邊的一個小島上看到了另外一個靈魂，赫然是綾波麗的模樣。
不過何洛很快就意識到這個意識體並非綾波麗，而是碇真嗣的母親碇唯！
因為這個意識體身上有種母性的光輝，懷中還抱著一個嬰兒模樣的精神體，而不是那種未經人事的少女。
那個嬰兒形狀的精神體，是碇唯對兒子幼時的回憶。
不同於亞當的靈魂投影附著於“零號機”身上，碇唯的靈魂卻是位於“初號機”的表層意識小島上。
經過這番主動出擊，何洛已經明白同步率是怎麼一回事了。
其實就是EVA駕駛員的靈魂能否與這兩位的靈魂產生共鳴，然後在一定程度上啟用祂們的戰鬥能力。
對於擁有靈魂之道的何洛來說，這可就太簡單了。
他趁著亞當的靈魂投影渾渾噩噩，便大膽地動起了手腳。
不一會兒工夫，他便在亞當的靈魂投影上面刻畫了自己的靈魂烙印，將其據為己有。
至於碇唯的靈魂，何洛出於基本的尊重，沒有將其奴役，而是採用從“靈魂寶石”那裡學來的靈魂控制能力，對其進行暫時的控制，已達到高同步率。
與此同時，在現實世界裡，葛城美里與赤木律子一直在緊張地盯著何洛的同步率資料。
一開始，同步率還是很低，維持在60%。
但是隨著時間推移，同步率突然瞬間暴漲到100%。
葛城美里見狀大驚，“怎麼可能！以前綾波麗和碇真嗣他們三個的同步率都沒達到過100%，他是如何做到的？”
赤木律子卻發現了一個更加恐怖的地方，“不對！他同時達到了‘零號機’與‘初號機’的100%同步！這是不可能的！”
她們兩人雖然不懂靈魂之道，不清楚碇唯的靈魂就寄宿在“初號機”的精神世界裡，卻非常清楚一件事。
在所有的測試者當中，只有碇唯的克隆體綾波麗與兒子碇真嗣能夠與之形成同步，其他人永遠都達不到這一點！
可以這麼說，“初號機”就是隻有碇真嗣與綾波麗才能駕駛的專屬機體，其他人都會受到排斥。
而眼前這個來歷不明的男人，居然憑藉不知道什麼手段，輕易地達成了與“初號機”的100%同步率。
赤木律子知道的真相遠比葛城美里要更多，所以她的第一反應就是不可能。
相比之下，葛城美里不問原因，只要結果，“太好了！他居然可以駕駛‘零號機’與‘初號機’！赤木博士，麻煩你儘快修好這兩臺機體！”
赤木律子卻搖搖頭，“不可能，損壞太嚴重了！至少需要一個半月以上的時間，才能恢復其主要功能。”
這時候，何洛已經摘下了同步率測試裝置，聞言提醒道：“使用‘生命果實’，可以快速修復！”
他也很想試試，駕駛EVA機體進行戰鬥是什麼樣的感覺。
要不然總是用肉身對抗體型龐大的使徒，未免也太過於辛苦了。
赤木律子聽了何洛的建議，便讓人把“生命果實”搬來，將其緊貼在EVA機體的傷口處。
果不其然，“零號機”上的傷口竟然開始快速癒合，殘肢斷臂也迅速生長。
但是代價同樣明顯，何洛可以感覺得到，“生命果實”上所蘊含的能量在急劇減少。
赤木律子同樣發現了這一點，於是在藉助“生命果實”修復好“零號機”之後，說什麼也不肯繼續用它來修復“初號機”了。
“修一臺就足夠了，‘若何’君又不能同時駕駛兩臺！我還要把‘生命果實’和‘四號機’送去分部研究‘S2機關’呢！”
考慮到“S2機關”能夠有效改善EVA機體的持續作戰能力，確實有儘快研發出來的必要，葛城美里只能同意她的要求。
稍晚一些時候，一架大型運輸機從“第三新東京”起飛，載著“四號機”和“生命果實”直奔位於美加大陸的NERV分部，開始了“S2機關”的研發工作。